战舰帝国的战舰也是有退役时间的，不可能一辈子陪伴着玩家一直进行下去。那么怎么对待这些曾经和玩家们共患生死过的战舰呢，游戏很人性化的推出了退役系统来优待那些不能陪伴玩家们的战舰，玩家可将其拥有的舰船进行退役处理，退役后会返还玩家部分资源和道具。
而退役分为“普通退役”和“高级退役”，普通退役不消耗任何道具或资源;高级退役消耗1个指定的道具。舰船在生产后，数据库中需记录该船的升级所消耗金币数量、训练弹药累计使用的数量、升级技能累计使用的道具数量、生产和改造消耗图纸品质和图纸数量。“普通退役”返还玩家上述金币、训练弹药、技能升级道具、图纸的60%;“高级退役”返还80%。其中图纸以研究之后的低级或高级万能图纸的形式返还给玩家。